Projekt na přeměnu stanice a vybudování nového osobního nádraží, prosazovaný od roku 1891, ztroskotal. Dosavadní budova byla postupně zvětšována, například 1896 byla vyhotovena přístavba čekáren. Po řadě složitých jednání mezi Prahou a železniční správou došlo roku 1903 k dohodě o přeměně stanice na čistě osobní nádraží. V letech 1904–1905 bylo nákladní nádraží zbořeno a nahrazeno novou budovou v secesně historizujícím slohu s hrázděnou čekárnou na ostrovním nástupišti. Vysoký násep umožnil zřízení vstupu na nástupiště přímo podchodem z ulice, který se stal prvním železničním podchodem v Praze. Z původního areálu nádraží se zachoval pouze strážní domek směrem k Vltavě.

Československé státní dráhy 1960 stanici Vyšehrad zrušily, nadále sloužila jen jako výhybna. K roku 2000 byl areál nádraží zapsán do Seznamu nemovitých památek. Dráhy v roce 2007 chátrající objekt bývalého nádraží prodaly soukromému vlastníkovi, jenž začátkem roku 2008 nechal zbořit památkově chráněnou hrázděnou čekárnu. Stav budovy nádraží se dále zhoršuje a hrozí i zřícení. V roce 2019 vznikla petice s názvem „Zachráníme nádraží Vyšehrad“. Městská část Praha 2 se dlouhodobě snaží nádraží dostat do svého majetku, plánuje zde zřídit výstavní prostory pro Slovanskou epopej Alfonse Muchy.

Bližší informace o železničním podnikání firmy Lanna naleznete ZDE